Nasce alla fine degli anni ’50 del ’900 e si articola in diverse sezioni dedicate alle testimonianze archeologiche (compresa un’importante raccolta di piroghe monossili rinvenute nei fiumi Adda e Oglio), storiche, cartografiche, musicali ed artistiche di Crema e dintorni.
Particolare rilievo riveste la Pinacoteca che accoglie opere di Bernardo Zenale, Jacopo Palma il Giovane, Padovanino, Fra’ Galgario, Stefano Maria Legnani, Martino Cignaroli, Francis Cotes, Alessandro Magnasco, Clemente Spera, Gaetano Previati, cui si affiancano il lodigiano Fra’ Sollecito Arisi ed i cremaschi Vincenzo Civerchio, Carlo Urbino, Giovan Angelo Ferrario, Tommaso Pombioli, Gian Giacomo Barbelli, Giovan Battista Lucini, Mauro Picenardi, Luigi Manini.

Il museo è ubicato nella quattrocentesca struttura dell’ex convento di Sant’Agostino, costruito per volere di Gian Tommaso Vimercati, insieme alla chiesa (poi abbattuta intorno al 1835 circa).
Il convento, costituito da due chiostri, venne terminato nel 1497 e comprendeva un’ampia sacrestia, la sala capitolare, la libreria conventuale, numerose celle e l’ampio refettorio affrescato da Giovan Pietro da Cemmo (entro il 1507).
Qui, ebbe sede l’Osservanza agostiniana di Lombardia, congregazione promotrice di un rinnovamento spirituale e di una visione umanistica della storia della salvezza che si estese a tutta la provincia lombarda e oltre (Genova, Bergamo, Milano, Cremona, Roma, Mantova Pavia, Brescia, Bassano, Napoli, Savona).
Nei due chiostri hanno trovato collocazione epigrafi, lapidi, stemmi, busti di nobili cremaschi e di musicisti (Francesco Cavalli, Vincenzo Petrali, Giovanni Bottesini).
Sotto il portico nel lato est del primo chiostro si riconosce il portale d’accesso dell’antica sala capitolare, ora ospitante la sezione di Arte moderna e contemporanea.